حالا علی مطهری در حمایت از روحانی پیشنهاد داده است که تفسیر قانون اساسی به نهادی بالاتر از شورای نگهبان؛ مثلا مجلس مؤسسان یا خبرگان قانون اساسی یا مانند بعضی کشورها دادگاه قانون اساسی ارجاع شود. او معتقد است شورای نگهبان چون یک نهاد انتصابی است ذی‌نفع است، بنابراین ممکن است تفسیرهای آن دقیق نباشد و عنصر سیاست در آن دخالت داشته باشد.

حسن روحانی، رئیس‌جمهوری، در چندین نوبت در فصل بهار بحث افزایش اختیارات رئیس‌جمهور را در شرایط جنگ اقتصادی که کشور درگیر آن است مطرح کرد. روحانی تأکید کرده بود، کشور در شرایط فعلی نیازمند تمرکز قدرت و تصمیم‌گیری در مدیریت است. او گفته بود: «در دوران جنگ تحمیلی در مقطعی که با مشکل مواجه شدیم، شورای‌عالی پشتیبانی جنگ ایجاد شد و همه اختیارات در دست این شورا بود و حتی مجلس شورای اسلامی و قوه قضائیه نیز در تصمیم‌گیری آن شورا دخالتی نداشتند و امروز هم در شرایط جنگ اقتصادی قرار داریم». او می‌گوید: «همان‌گونه که در جنگ هشت‌ساله اختیارات ویژه‌ای را از امام راحل گرفته و توانستیم جنگ را اداره کنیم و حتی موفقیت‌های بسیاری را به دست آوریم، امروز هم به چنین اختیاراتی نیاز داریم».‌

هرچند میزان اختیارات یک رئیس‌جمهور، از آغاز به کار اولین دولت منتخب مردم بعد از پیروزی انقلاب وجود داشته، اما مناقشه‌برانگیزترین آن در دولت اصلاحات و ماجرای لوایح دوقلو مطرح شد. در سال ۸۱ سیدمحمد خاتمی لوایح دوقلو را به مجلس شورای اسلامی فرستاد. یک لایحه در مورد تبیین (افزایش) اختیارات رئیس‌جمهور و لایحه دیگر در مورد اصلاح قانون انتخابات بود. این لایحه توسط شورای نگهبان رد شد. عاقبت لوایح توسط محمد خاتمی بازپس گرفته شد. این بحث در دوره دولت دهم با استناد مکرر دولت به اصل 113 و تأکید مجلس بر اصل 122 بار دیگر در یادها زنده شد. اصرار دولت به استفاده از اختیاراتش تا آنجا پیش رفت که رئیس‌​جمهور هیئت نظارت بر قانون اساسی را که مولود دولت قبل بود احیا کرد. اما شورای نگهبان چنین هیئتی را غیرقانونی دانست.

نخستین‌بار اسفند 88 بود که احمدی‌نژاد در اعتراض به نحوه تصویب لایحه بودجه 89 در مجلس، نامه‌ای در 14 بند نوشت و به به‌هم‌ریخته‌شدن لایحه‌ای که به مجلس فرستاده بود اعتراض کرد و درعین‌حال افزایش بودجه مجلس را زیر سؤال برد. نامه‌ای که عنوان «اخطار قانون اساسی» به خود گرفته بود، با پاسخ قاطع رئیس مجلس مواجه شد که این اخطار وجاهت قانونی ندارد. احمدی‌نژاد در فاصله 9 ماهه تا پایان دوره ریاست‌جمهوری‌اش، به رئیس قوه قضائیه هم اخطار قانون اساسی داد. او که پس از بازداشت علی‌اکبر جوانفکر، مشاور رسانه‌ای‌اش، عزم بازدید از اوین را کرده بود، در واکنش به نامه «خیلی محرمانه» رئیس قوه قضائیه، با افشای بخش‌هایی از نامه آیت‌الله آملی‌لاریجانی، بازدید از این زندان را در حیطه وظایفش در چارچوب اجرای قانون اساسی برشمرد.

حالا علی مطهری، نماینده مجلس شورای اسلامی، باور دارد که اجرای اصل ۱۱۳ قانون اساسی به معنی نظارت رئیس‌جمهور بر اجرای قانون اساسی در کشور است که ضامن حقوق ملت است. او درباره این موضوع گفت: «اصل ۱۱۳ روشن است و ابهامی در آن وجود ندارد و اساسا نیازی نبوده که شورای نگهبان آن را تفسیر کند. این اصل می‌گوید رئیس‌جمهور مسئول اجرای قانون اساسی است. علت آن این است که رئیس‌جمهور مستقیما از سوی عموم مردم انتخاب می‌شود و وظیفه دفاع از حقوق مردم را دارد. رئیس‌جمهور علاوه‌بر نظارت بر اجرای قانون اساسی در قوه مجریه، در مواردی که در سایر قوا و نهادهای کشور تخلف از قانون اساسی می‌بیند باید اخطار و تذکر دهد. تفسیر شورای نگهبان از این اصل در سال ۵۹ همین بوده است. عجیب است که بعدا تفسیر خود را عوض کرده است. این امر نشان می‌دهد که نگاه سیاسی نیز دخالت داشته است. تفسیر بعدی شورای نگهبان از این اصل اساسا آن را بلااثر کرده و درواقع آن را از قانون اساسی حذف کرده است. شورای نگهبان به‌جای آنکه این اصل را تفسیر کند، صورت‌مسئله را پاک کرده است. خبرگان قانون اساسی به این موضوع توجه داشته‌اند که این امکان وجود دارد که بعضی نهادها قانون اساسی را نقض کنند؛ ازاین‌رو مسئولیت نظارت بر اجرای قانون اساسی را بر دوش رئیس‌جمهور؛ یعنی نماینده مردم گذاشته است».

مطهری اضافه کرد: «قانون تعیین حدود اختیارات، وظایف و مسئولیت‌های ریاست‌جمهوری که به تأیید شورای نگهبان رسیده است، خود م‍ؤید اختیار رئیس‌جمهور در نظارت بر اجرای قانون اساسی است. تفسیر شورای نگهبان باید به‌گونه‌ای باشد که لااقل مورد قبول اکثر حقوق‌دانان باشد، نه تفسیری که اکثر قریب به اتفاق حقوق‌دانان قبول ندارند. در دوره ریاست‌جمهوری آقای احمدی‌نژاد هم این مشکل وجود داشت و او مدام به‌درستی می‌گفت مسئول اجرای قانون اساسی است؛ اما آن زمان هم شورای نگهبان زیر بار نرفت. نظارت رئیس‌جمهور بر اجرای قانون اساسی باعث می‌شود تمام قوا و نهادهای حکومتی حواسشان را جمع کنند تا از حقوق مردم عدول نکنند. این نظارت به نظر من شامل نهادهای زیرمجموعه رهبری نیز می‌شود».‌ او در پایان در پاسخ به این پرسش که چقدر می‌توان این احتمال را مطرح کرد که روحانی برای توجیه برخی ناکارآمدی‌ها در اواخر دوران ریاست‌جمهوری‌اش این‌گونه مسائل را مطرح می‌کند، اظهار کرد: «نمی‌توانیم نیت‌خوانی کنیم اما به‌هرحال فردی که سخنی را مطرح می‌کند، باید به آن پایبند باشد و در مقام عمل نیز اقدام کند؛ بنابراین رئیس‌جمهور باید در جایی که تخلف از قانون اساسی می‌بیند، اخطار قانون اساسی بدهد و به این وسیله مردم را در جریان قرار بدهد. نظر مقام معظم رهبری در زمان ریاست‌جمهوری‌شان نیز حق نظارت رئیس‌جمهور بر اجرای قانون اساسی بوده و درصدد تشکیل یک واحد بازرسی بوده‌اند».

محمد کیانوش‌راد، عضو حزب اتحاد ملت هم گفته است: شورای نگهبان تفسیر خویش را از عنوان «مسئولیت اجرای قانون اساسی» به‌صراحت اعلام کند تا مردم تکلیف خویش را بدانند و بدانند به چه کسی و با چه اختیاراتی قرار است به‌عنوان رئیس‌جمهور رأی بدهند. محمد کیانوش‌راد اظهار کرد: رئیس‌جمهور در آخرین نشست مطبوعاتی خود در پاسخ به انتقادهایی که درباره عملکرد دولت او شده بود، به اجرائی‌نشدن اصل۱۱۳ قانون اساسی و موضوع اختیارات رئیس‌جمهور اشاره کرد. یکی از بهترین مواضع اخیر روحانی اشاره به رأی مردم به رئیس‌جمهور و اختیارات رئیس‌جمهور طبق قانون اساسی برای اجرائی‌کردن این خواسته‌ها بود. طبق اصل ۱۱۳ قانون اساسی، پس از مقام رهبری، رئیس‌جمهور، عالی‌ترین مقام رسمی کشور است. به این ترتیب، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، ریاست قوه قضائیه، رئیس مجلس خبرگان، اعضای شورای نگهبان و رئیس مجلس شورای اسلامی و… همه در جایگاهی پس از ریاست‌ جمهور قرار دارند.

او یادآور شد:‌ از جمله اشکالات و ابهامات موجود در قانون اساسی فعلی، یکی این است که تفسیر قانون اساسی بر عهده شورای نگهبان است و راه را برای ارائه تفاسیری هرچند مخالف روح قانون اساسی و اصل محوری حق حاکمیت مردم بر سرنوشت خویش می‌بندد. کیانوش‌راد گفت: آنچه به‌طور مشخص در اصل ۱۱۳ برای رئیس‌جمهور مستثنا شده است، تنها مربوط به ریاست بر آن بخش از امور اجرائی است که مستقیم قانون اساسی آن را ذیل اختیارات رهبری احصا و تعیین کرده است. پیشنهاد اخیر رئیس‌جمهور، پیشنهاد درستی است.

او ادامه داد: رئیس‌جمهور بنا به وظیفه‌ تصریح‌شده در اصل ۱۱۳ قانون اساسی، به شورای نگهبان‌، درباره اجرای قانون اساسی می‌تواند تذکر دهد و خواستار پاسخ‌گویی حقوقی آنان باشد، در شرایط کنونی و پس از گذشت 40 سال از انقلاب اسلامی و در دوران بلوغ انقلاب، هیچ امری بالاتر از رعایت و اجرای قانون اساسی، به‌عنوان تنها حَکم، برای رفع اختلافات در کشور نیست، ارجاع همه به قانون اساسی و عمل به آن، انقلابی‌ترین رفتار سیاسی است که همه باید تابع آن باشند.

حجت‌الاسلام حسن روحانی در نشست خبری اخیر خود درباره نظارت شورای نگهبان و عبور داوطلبان انتخابات از فیلتر شورای نگهبان، گفته بود: «شورای نگهبان طبق قانون ناظر است، قضاوت‌کننده نیست، دخالت‌کننده هم نیست و امیدواریم به این وظایف خود به‌خوبی عمل کند و دولت هم مجری انتخابات است. عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان، در صفحه شخصی خود درباره اختیارات رئیس‌جمهور با بیان اینکه همان‌طورکه اصل ۱۱۳ به‌درستی جایگاه و اختیارات رئیس‌جمهور را معین کرده، اصل ۹۸ نیز تفسیر را بر عهده شورای نگهبان گذاشته است، نوشت: این تفسیر عین قانون اساسی بوده و بر همگان لازم‌الاجراست».‌